El hecho de que la Secretaría de Culto dependiente del Ministerio de Relaciones Exteriores y Culto ha ya administrado arbitrariamente la inscripción de las iglesias en el Registro de Cultos, amparada por 1 ley 21745 (todavía vigente), hace que en la Argentina la libertad de Culto no esté garantizada.

Es sugestivo que en dicho Ministerio no haya ninguna persona no católica, a pesar de que la Secretaria de Culto se ocupa de diversos aspectos de religiones distintas a la oficial, según la denuncia del pasta Roberto González de la Iglesia de la comunidad Metropolitana de buenos Aires

En agosto de 1994, el Ministro de Relaciones Exteriores y Culto, por resolución 2050/94, denegó a la Iglesia de la Comunidad Metropolitana de Buenos Aires (ICM) el pedido de inscripción en el Registro Nacional de Culto que llevaba en trámite 5 años.

La ICM, fundada en 1971 en Estados Unidos a propósito de la represión sufrida por gays y lesbianas, cuenta hoy con representación en 17 países. En la Argentina funciona desde 1987, y habiendo iniciado el trámite en 1989, es hoy en día el único país que le ha denegado la inscripción en el registro de Cultos.

El rechazo se basó en que esta Iglesia protestante realiza actividades que "resultan lesivas al orden público, a la moral y las buenas costumbres", en tanto "exterioriza su posición respecto de la homosexualidad y otras conductas tales como el travestido o el transexualismo". Asimismo es acusada de 'promover la homosexualidad como tal equiparándola a la heterosexualidad". El fallo, firmado por el Secretario de Culto Ángel Centeno, alega además, que la unión entre dos personas del mismo sexo "repugna a las valoraciones de la comunidad argentina".

El responsable de la ICM, Pastor Roberto González, relacionó la denegación del permiso de Culto con la influencia del Arzobispo de la Ciudad de Buenos Aires, Cardenal Primado de la Argentina, Monseñor Antonio Quarrascino en la política interna del Ministerio de Relaciones y Culto.

En febrero de 1993, mientras el rabino Baruj Plavnick tramitaba en la Cancillería Argentina la repatriación de un cadáver de un miembro de la comunidad judía del Brasil, el Secretario de Asuntos Consulares de este organismo oficial, Carlos Ingenite, lo obligó a quitarse la kipa (sombrero ritual de los judíos). El argumento esgrimido por dicho funcionario fue recordarle al rabino que estaba en la Cancillería de la República Argentina y por lo tanto debía descubrirse, a pesar de tener la cabeza cubierta por razones religiosas. A fin de completar el trámite el rabino debió obedecer. Más tarde el Secretario fue separado de su cargo por el Canciller en un intento de reparar el agravio que trascendió públicamente.

Desde hace un año el procurador de la Nación comenzó un proceso de suspensión de todos los trámites de inscripción, algunos con años de demora, a la espera de la sanción definitiva de una nueva ley de Culto que nunca se termina de aprobar. Es así como las minorías religiosas son, en la práctica discriminadas.